Im Japan des 19. Jahrhunderts bricht der Kaiser mit der traditionellen Isolationspolitik und öffnet das Land westlichen Einflüssen. Nicht einverstanden sind damit zahlreiche der früheren Würdenträger, allen voran der dämonische Ex-Samurai Sishio, der den Kaiser dafür stürzen möchte. Dessen Geheimdienst wendet sich hilfesuchend an den Schwertkämpfer Kenshin Himura alias Battosai, seinerseits selbst ein von Mythen umrankter, ehemaliger Samurai, doch nun zum Pazifismus konvertiert. Auf diesen Gegner hat Sishio gerade gewartet.