Durant hat massive Probleme, den Bau der Eisenbahn weiterhin zu finanzieren und die Kontrolle darüber zu behalten. Er wird nach der Länge der gebauten Strecke bezahlt. Cullen wird zu Durants Missvergnügen mit dem weiteren Bau der Bahn betraut. Cullen ist sich dabei der Sympathie des Präsidentschaftskandidaten Ulysses S. Grant sicher, der Bohannon, obwohl ehemaliger Kriegsgegner, sehr schätzt. Auf dem Gebiet der Kiowa überzeugen Cullen und Elam den Stamm, ihnen Holz für den Weiterbau zur Verfügung zu stellen.

Elam und Eva sind Eltern geworden. Obwohl Eva auch ein Verhältnis mit Toole hatte, der sich aus Verzweiflung umbrachte, und das Kind weiß ist, sieht Elam das Mädchen als sein Kind an. Von der Ostküste aber trifft Declan Toole ein, der Bruder des Vaters, um die Tochter mit sich zu nehmen, um ihr ein besseres Leben zu ermöglichen. Nach langem Zaudern willigt Eva ein und gibt ihm ihr Kind mit. Dies stürzt Elam in tiefe Depression, da er sich eine gemeinsame Zukunft ausmalte und es erschüttert ihre Beziehung schwer.

Der Bau der Eisenbahn stockt erneut, da diese nun durch ein Gebiet militanter Mormonen führen soll, die ihr Gebiet verbissen verteidigen. Bei Verhandlungen zwischen Vertretern der Eisenbahn und Mormonen vor der Mormonensiedlung Fort Smith wird ein Sheriff der Eisenbahn erschossen. Cullen sieht sich genötigt, für Gerechtigkeit zu sorgen. Die Mormonen stehen vor der Bedrohung, ihre Siedlung durch eine Zwangsräumung durch die US-Army zu verlieren. Daher liefert der Sprecher der Mormonen, Aaron Hatch, seinen Sohn aus, obwohl dessen Schuld mehr als zweifelhaft erscheint. Cullen erhängt den Jugendlichen, um für Gerechtigkeit zu sorgen, doch sorgt dieses Opfer bei den Mormonen für Verbitterung.

Der Schwede überlebte den hohen Sprung von der Brücke am Ende der vorherigen Staffel. Er wird von einer reisenden Mormonenfamilie aufgefunden und freundlich behandelt. Mit seiner charismatischen, manipulativen Art gewinnt der Schwede das Vertrauen der Familie, doch bei seiner Konversion und Taufe in einem Fluss ertränkt er sie. Nur der Sohn Ezra kann entkommen. Der Schwede nimmt die Identität des ermordeten Bischofs Dutson an und reist nach Fort Smith.

Nun wird der wahre Grund bekannt, weshalb die McGinnes-Brüder nach Osten zur Eisenbahn reisten: In Boston wurde Sean als Frauenmörder gesucht, was zu seiner Flucht führte. Mit Misstrauen beäugt Mickey seinen Bruder Sean, der davor steht, erneut in solch psychopathische Verhaltensmuster zurückzufallen, da seine Zuneigung von der Predigerin Ruth nicht erwidert wird. Mickey sieht sich gezwungen, seinen eigenen Bruder zu töten.

Die Schienen erreichen nun die neu gegründete Siedlung Cheyenne. Diese wurde von Durant, der die Stadt zuerst nach sich selbst benannte, als künftiger Knotenpunkt gegründet. Grant jedoch änderte den Namen wieder. In Cheyenne erscheint eine Gruppe Maskierter und es kommt zu einer Schießerei. Cullen wird von der Bande – Mormonen unter der Führung von Aaron Hatch –, entführt und nach Fort Smith gebracht. Obwohl viele seinen Tod wünschen, soll dort der Bischof, als geistliches Oberhaupt, über Bohannons Schicksal entscheiden. Dass es sich dabei um den Schweden handelt, erkennt nur Cullen, doch niemand glaubt ihm. Zu seiner Verwunderung und dem Verdruss der Mormonen verschont dieser sein Leben, stattdessen soll er in der Siedlung leben und Naomi heiraten, die Tochter von Hatch, die Cullen bei einem früheren Besuch geschwängert hatte.

Elam macht sich auf die Suche nach seinem entführten Freund und wird dabei von einem Bären angegriffen. Nur mit einem Messer tötet er diesen, bleibt aber schwer verletzt zurück. Sein weiteres Schicksal bleibt unklar.

DVD1
Episode 1 - Unter Wölfen (Big Bad Wolf)
Episode 2 - Die Mormonen (Eminent Domain)
Episode 3 - Der Rinderkrieg (Range War)
Episode 4 - Jimmy Two Squaws (The Game)

DVD2
Episode 5 - Auf der Suche (Searchers)
Episode 6 - Ein Maultier weniger (One Less Mule)
Episode 7 - Giftiges Wasser (Cholera)
Episode 8 - Es geschah in Boston (It Happened In Boston)

DVD3
Episode 9 - Schuld und Sühne (Fathers And Sins)
Episode 10 - Eingespannt (Get Behind The Mule)
Extras