Nach der Entdeckung eines Außenposten der Antiker findet der Wissenschaftler Daniel Jackson überraschend heraus, dass die Station nicht – wie erhofft – die sagenumwobene Stadt Atlantis ist, sondern nur eine kleine Basis darstellt.
Doch Jackson entdeckt Hinweise auf eine Antiker-Stadt in einer fernen Pegasus-Galaxie.
Als er die Stargateadresse des betreffenden Planeten entziffert, wird eine Reise dorthin möglich.
In der Hoffnung, Atlantis endlich zu finden, begibt sich ein internationales Expeditionsteam, bestehend aus Wissenschaftlern und Soldaten aus über einem Dutzend Länder, durch das Stargate in die Pegasus-Galaxie, wo sie in der versunkenen Antiker-Stadt Atlantis einen neuen Stützpunkt errichten.

Episoden Staffel 03 DISC 1:
Folge 41 - Niemandsland
Folge 42 - Ein schlechter Plan
Folge 43 - Der Zaubertrank
Folge 44 - Sateda

Episoden Staffel 03 DISC 2:
Folge 45 - Der Bruderstreit
Folge 46 - Atlantis ruft
Folge 47 - Ein ungewöhnlicher Verbündeter
Folge 48 - Der doppelte Rodney

Episoden Staffel 03 DISC 3:
Folge 49 - Phantome
Folge 50 - Die Rückkehr Teil 1
Folge 51 - Die Rückkehr Teil 2
Folge 52 - Die Warnung

Episoden Staffel 03 DISC 4:
Folge 53 - Kolyas Ende
Folge 54 - Rodneys Tao
Folge 55 - Das Spiel
Folge 56 - Die Arche

Episoden Staffel 03 DISC 5:
Folge 57 - Ein freier Tag
Folge 58 - Untergetaucht
Folge 59 - Rache
Folge 60 - Der Angriff