Der Junge Jacob hat von seinem geliebten Großvater Abe schon Geschichten von der Insel der besonderen Kinder bzw. dem Institut von Miss Peregrine gehört. Jacob gelingt es, in die Zeitschlaufe von 1943 zu gelangen, wo Miss Peregrine und ihre speziellen Schützlinge bereits auf ihn warten. Denn auch Jacob hat besondere Fähigkeiten, mit denen er ihnen im Kampf gegen Bösewicht Barron beistehen kann. Insbesondere die hübsche Emma, die unter Wasser atmen kann und abhebt, wenn sie ihre schweren Schuhe nicht auf der Erde halten, hat es ihm angetan.