Bei einer Rettungsaktion muss Thomas feststellen, dass sein Freund Minho noch im Hauptquartier von WCKD festgehalten wird, um als Versuchskaninchen gegen den fatalen Virus zu dienen, der die Welt entvölkert hat. Gegen den Willen des Widerstandsführers beschließen er und einige weitere Immune, die Letzte Stadt zu infiltrieren, um Minho zu befreien. Dabei müssen sie sich erst der marodierenden Infizierten und dann der Schergen von WCKD erwehren. Schließlich stoßen sie auf Teresa, die an einem Heilmittel arbeitet.