Man schreibt das Jahr 1600. Der Engländer John Blachthorne (Richard Chamberlain) führt ein bewaffnetes holländisches Kauffahrteischiff durch die bis dahin lediglich den Portugiesen und Spaniern bekannte "Magellanstraße" und durch den gesamten Pazifik nach Japan, wo sie halb tot schließlich ankommen. Das Eintreffen eines "Ketzers" in Japan verschiebt das Gleichgewicht der Kräfte in diesem Erdteil, als Blackthorne nach und nach das Vertrauen des mächtigsten Feudalherren des zeitgenössischen Japan, Yoshi Toranaga (Toshiro Mifune; gewaltig) gewinnt. Nebenbei verliebt sich Blackthorne in die wunderschöne und hocharistokratische aber auch verheiratete Toda Mariko, bei der er auf Anordnung Toranagas japanische Sprache und Kultur erlernt.
Blackthorne laviert sich durch die politischen und menschlichen Ränkespiele der Zeit, immer dem Tode nah, nie wissend ob er Akteur oder nur Marionette ist. Erst zum Gefolgsmann (Hatamoto) Toranagas erhoben und schließlich von diesem zum Samurai ernannt, trägt Blackthorne maßgeblich dazu bei, dass Toranaga seine Bestimmung erreicht: SHOGUN, oberster Militärdiktator und nach dem - als göttlich verehrten - Kaiser zweiter Mann im Reich.