Einst als U-Boot-Hafen genutzt, wird die unter Wasser gelegene „Aquatica“ von einem Bio-Tech-Konzern als Forschungslabor genutzt. Hier forscht die ehrgeizige Dr. Susan McAlester (Ex-Model Saffron Burrows) an einem Heilmittel gegen Alzheimer. Ausgerechnet in den Gehirnen der riesigen, gefährlichen Mako-Haie befindet sich jene Substanz, die den Durchbruch bei der Behandlung dieser Krankheit bedeuten könnte.
Dr. McAlester – deren eigener Vater einst an Alzheimer erkrankte und verstarb – verändert im Rahmen der Forschungen die DNS einiger Mako-Haie, um deren Gehirne zu vergrößern, was die Menge dieser wertvollen Substanz erhöhen würde. Allerdings erhöht sich auch die Intelligenz der Tiere, was schon rasch zum Ausbruch einiger Exemplare und somit akuter Bedrohung ahnungsloser Schwimmer führt.
Durch diesen Zwischenfall beunruhigt nimmt Finanzgeber Russell Franklin (Samuel L. Jackson) die Station persönlich unter die Lupe. Als ein Sturm aufzieht, geraten die Forschungsmitglieder in höchste Lebensgefahr. Denn die gentechnisch veränderten Haie beweisen ungewohnte Kreativität beim Dezimieren der Besatzung.....