Im unter Wasser gelegenen Forschungslabor Aquatica, einem ehemaligen Militärstützpunkt zur Wartung von U-Booten, forscht Dr. Susan McAlester (Saffron Burrows) nach einem Mittel gegen Alzheimer. Mit einer aus dem Gehirn von Haien extrahierten Flüssigkeit ist es ihr gelungen ein Medikament zu erzeugen, das befallene Gehirnzellen regeneriert und reaktiviert. Die Flüssigkeit ist allerdings nur bei Mako-Haien vorhanden, den schnellsten aller Haifisch Arten, und zu dem nur in sehr geringer Konzentration. Susan beschließt darauf hin, die Haie genetisch zu verändern: sie werden größer, schneller und schlauer, und sie produzieren natürlich mehr von der benötigten Flüssigkeit. Als die Haie ausbrechen und fast 4 Teenager vernaschen, bekommen die Geldgeber des Projektes Zweifel. Russell Franklin (Samuel L. Jackson) soll daraufhin die Forschungsergebnisse vor Ort begutachten. Die Gewebeentnahme der wieder eingefangenen Haie verläuft anfangs erfolgreich, doch dann kommt es zwangsläufig zur Katastrophe. Im Sturm gelingt den Haien zwar nicht ein erneuter Ausbruch, aber ein Einbruch in das Forschungslabor.