Der Plot von Final Fantasy V dreht sich um fünf Helden – den Abenteurer Bartz Klauser (in Japan Butz), die Prinzessin Lenna Charlotte Tycoon, die Piratin Faris Scherwiz, den alten Mann Galuf Halm Baldesion, der sein Gedächtnis verloren hat, sowie dessen Enkelin Krile Maia Baldesion (in Japan Kururu), die mit Drachen und Mogrys sprechen kann. Die Helden versuchen zu verhindern, dass die vier Kristalle zerbrechen, die für die einzelnen Elemente Feuer, Erde, Luft und Wasser stehen. Durch das Zerbrechen der Kristalle gerät nicht nur das jeweilige Element außer Kontrolle. Auch das Siegel, welches den Hauptantagonisten gefangen hält, den bösen Zauberer Exdeath, wird zerstört.