Zu Beginn der 2050er Jahre machten sich unbekannte Lebensformen, die "Oracle Cells", unkontrolliert über alles irdische Leben her. Den Namen Aragami verdienten sie sich durch ihre grausame Art und gottgleiche Anpassungsfähigkeit. Mit Feinden, die gegen übliche Waffen immun sind, steht die moderne Gesellschaft ihrem Ende nahe und die Menschheit kurz vor ihrer Vernichtung.

Eine letzte Hoffnung verbleibt. Die God Eaters, eine Eliteeinheit, vertraut auf die Waffen der Fenrir Organisation. Die sogenannten God Arcs basieren auf echtem Leben. Deine Mission ist es, die Aragami zu besiegen und dadurch Forschungsmaterial zu sammeln. Dabei wird Dir nach und nach klar, dass Du Teil einer gigantischen Verschwörung bist, die unwiederbringlich das Schicksal der Welt verändert...