Subaeria ist ein spannendes Action-Puzzlespiel mit Schurken-Elementen, bei dem pazifistische Spieler ihre Umgebung nutzen müssen, um Feinde zu besiegen. Die Spieler benutzen ihren Verstand, um ihre Feinde zu manipulieren und sich gegenseitig zu zerstören. Sie müssen klug sein, wie sie verschiedene Situationen angehen und strategisch überlegen, wie sie ihre Umgebung und ihre Fähigkeiten nutzen können, um ihre Feinde zu besiegen.

Die Spieler folgen Styx, einem jungen Mädchen das auf Rache aus ist, nachdem ihre Familie vom Herrscher von Subaeria ermordet wurde. Sie muss sich durch Massen von mörderischen Robotern kämpfen, indem sie sie gegeneinander ausgespielt hat. Während sie sich ihrem Ziel der Rache nähert, wird sie die Unterwasserstadt Subaeria erkunden, um die Geheimnisse zu lüften, die unterhalb der Abgründe liegen.