Ungefähr 20 Jahre nach den Ereignissen in Deus Ex ist die Welt im Begriff, sich von der katastrophalen weltweiten Depression zu erholen. In dieser chaotischen Umbruchsphase sehen mehrere religiöse und politische Interessengruppen die Gelegenheit eine weltweite Regierung nach Ihrer eigenen Agenda zu gestalten, da jegliche Entscheidungen, die jetzt getroffen werden, die Entwicklung der gesamten Menschheit für Jahrzehnte - wenn nicht gar für Jahrhunderte - bestimmen könnten. In diesem Techno-Albtraum nehmen Sie den Kampf auf, um die Welt aus ihrer eigenen Asche emporzuheben.