Mittelpunkt und Ich-Erzähler der Serie ist der junge Mediziner John Michael Dorian, genannt J.D. Frisch von der Universität gekommen, taucht er in die Welt des tagtäglichen Krankenhausbetriebs im Sacred Heart Hospital ein, lernt mit den Höhen und Tiefen des Arztberufes umzugehen und lässt den Zuschauer dabei an seinen Gedanken, Ängsten und Tagträumen teilhaben. Mit der Zeit entwickelt er sich weiter und gewinnt die eine oder andere philosophische Erkenntnis.

Ähnlich ergeht es seinen zwei gleichaltrigen Kollegen: Der hübschen wie zielstrebigen (aber oft auch sehr unsicheren und tollpatschigen) Elliot Reid sowie seinem College-Freund und, bis Ende Staffel 4, Mitbewohner Christopher Turk, genannt Turk. Neben der Berufswahl verbindet die drei eine enge Freundschaft.

Anders verhält es sich mit ihren Vorgesetzten, dem strengen Chefarzt Dr. Robert Kelso und dem sarkastisch-narzisstischen Oberarzt Dr. Perry Cox. Kelso liegt offenkundig nur das finanzielle Wohl der Klinik am Herzen. Cox hingegen besticht durch beispielhafte Berufsethik, dennoch scheint er ein emotionales Wrack zu sein und gibt sich kühl und distanziert, was sich vor allem in seinem zynischen Humor ausdrückt. Des Weiteren stellt er die nahezu archetypische Form des an seine Umwelt rücksichtslos Frust auslassenden Zynikers dar, der nicht selten die Assistenzärzte unsanft in die Realität zurückbefördert. Er und Dr. Kelso sind verfeindet und desöfteren beschimpft Dr. Cox Dr. Kelso als Satan persönlich. Dr. Cox ist J.D.s großes Vorbild und Jordan, Dr. Cox’ Ex-Ehefrau, betonte einmal, dass Dr. Perry Cox früher einmal genauso wie J.D. war.

Ein weiteres Hindernis für J.D. stellen die Schikanen des Hausmeisters – dessen Name nie genannt wird – dar, wohingegen Turk schnell eine Beziehung mit der Krankenschwester Carla eingeht, die er im Verlauf der Serie heiratet.

Die Geschichten von Scrubs beziehen ihren Reiz aus der kreativen Mélange von Humor, Emotionen und tiefgründigen Wahrheiten, sowie den Ecken und Kanten der Protagonisten. Die Charaktere stehen mit beiden Füßen auf dem Boden der oft unnachgiebigen Realität – die Komik ergibt sich aus der Situation oder findet in J.D.s Gedankenwelt ihren Platz.