Bei der Verfolgung eines Marquis-Schiffes gerät die Voyager an ein geheimnisvolles Wesen mit dem Namen "Der Fürsorger" (so lautet auch der Titel der Pilotepisode). Dieser führt das Schiff in den Delta-Quadranten, doch gelingt es der Voyager-Crew nicht mehr, heim zu kehren. 70 Jahre von Förderationsgebiet entfernt, machen sich die Raumfahrer auf den Heimweg. Dabei müssen sie einen Teil des Universums durchqueren, der ihnen vollkommen unbekannt ist.
Dies aber ist nicht die einzige Herausforderung, der sich Captain Janeway (Kate Mulgrew) stellen muss: Das besagte Marquis-Schiff nämlich ist zerstört worden, die Besatzung hat aber größtenteils überlebt. Die Marquis, deren Heimatwelten von den Kardassianern besetzt wurden und die sich selbst Freiheitskämpfer nennen, von der Föderation jedoch als Terroristen verfolgt werden, müssen nun in das Leben an Bord des Föderationsschiffes eingegliedert werden.
Dies gelingt, da ihr Kommandant Chakotay (Robert Beltram) ein ehemaliger Föderationsoffizier ist, der die Notwendigkeit einer Zusammenarbeit einsieht. Doch bis sich die beiden Crews mehr oder weniger zusammenraufen, muss noch der ein oder andere Kampf ausgefochten werden.

Die 3. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Der Kampf ums Dasein, Teil 2
02 - Tuvoks Flashback
03 - Das Hochsicherheitsgefängnis
04 - Der Schwarm
05 - Das Wurmloch
06 - Das Erinnern
07 - Das Ritual
08 - Vor dem Ende der Zukunft, Teil 1
09 - Vor dem Ende der Zukunft, Teil 2
10 - Der Kriegsherr
11 - Die Q-Krise
12 - Makrokosmos
13 - Das Wagnis
14 - Das andere Ego
15 - Der Wille
16 - Pon Farr
17 - Die Kooperative
18 - Charakterelemente
19 - Die Asteroiden
20 - Die neue Identität
21 - Temporale Sprünge
22 - Das wirkliche Leben
23 - Herkunft aus der Ferne
24 - Translokalisation
25 - Rebellion Alpha
26 - Skorpion, Teil 1