2018: In den vergangenen Jahren konnte das Meer als Lebensraum erschlossen werden, der Meeresboden als Anbaugebiet für Lebensmittel genutzt werden und die Energieversorgung der Erde auf alternative Energien umgestellt werden.
Unter der Leitung des Meeresbiologen und erfahrenen Militärs Captain Nathan Bridger wird das Unterseeboot "seaQuest" auf die Reise geschickt, um wissenschaftliche Ideen zu erforschen, gegen verfeindete Nationen zu kämpfen und das Unterseegebiet der "United Earth/Oceans Organisation" zu sichern. Ein aufregendes Leben unter dem Meer beginnt für Bridger, seine Crew und den "sprechenden" Delphin Darwin.

Die 2. Staffel besteht aus folgenden Episoden:

01 - Pilotfilm (Teil 1)
02 - Pilotfilm (Teil 2)
03 - Die Angst im Nacken
04 - Im Rausch der Tiefe
05 - Landurlaub
06 - Hilferuf aus der Zukunft
07 - Begegnung mit der Vergangenheit
08 - Schlingen des Todes
09 - Wenn Tote erwachen
10 - Familienbande
11 - Ein Mann zuviel
12 - Grüsse aus der Steinzeit
13 - Auf der Suche nach Atlantis
14 - Falsche Liebe
15 - Der blinde Seher
16 - Allein
17 - Solitaire, die geheimnissvolle Insel
18 - Das Verbrechen in der Alpha Basis
19 - O'Neills Entlassung
20 - Der Zukunftsmensch
21 - Der Knastbruder
22 - Ausweglose Mission