Leroy Jethro Gibbs leitet ein spezielles Ermittlerteam, das Verbrechen untersucht, die in Zusammenhang mit der US Navy oder Marine-Corps-Angehörigen stehen. Unterstützung bekommt er durch Anthony DiNozzo, einem ehemaligen Angehörigen des Morddezernats, Caitlin Todd, einer ehemaligen Secret-Service-Agentin und der Forensikerin Abby Sciuto. Dr. Donald Mallard, ein ausgewiesenes Ass der Gerichtsmedizin, macht das Team komplett. Ihre Ermittlungen führen sie mitunter um die ganze Welt und sie treten immer dann in Aktion, wenn Teile der US-Streitkräfte in Mord, Terror oder auch Spionage verwickelt sind.